Semuanya berawal di tahun 1954, ketika seorang ibu dari seorang anak laki-laki menemukan hasil tes matematika di saku anaknya. Anak itu bernama Takeshi Kumon yang saat itu duduk di bangku kelas dua Sekolah Dasar (SD). Melihat hasil tes yang tidak sebagus biasanya, ibu Takeshi bertanya kepada suaminya tentang apa yang sebaiknya dilakukan. Suaminya adalah Toru Kumon, yang pada saat itu bekerja sebagai guru matematika SMA. Untuk menjawab kekhawatiran istrinya, Toru Kumon lalu mulai membuat lembar kerja matematika untuk anaknya, Takeshi.
Toru Kumon percaya bahwa tugas seorang pendidik adalah mengembangkan pola pikir belajar mandiri pada anak-anak. Toru Kumon berulang kali mencoba dan mengalami banyak kegagalan pada saat membuat bahan pelajaran yang dapat dikerjakan dengan mudah setiap hari oleh Takeshi dan membantu kemampuannya berkembang secara bertahap. Berdasarkan pengalamannya sebagai guru SMA, Toru Kumon mengetahui bahwa banyak siswa SMA yang kesulitan dalam pelajaran matematika karena kurangnya kemampuan hitung. Karena itu, Toru Kumon fokus untuk mengembangkan kemampuan hitung Takeshi, dan membuat bahan pelajaran yang bisa dikerjakan anaknya dengan mandiri. Dari pengalamannya dalam bidang pendidikan, Toru Kumon memahami bahwa siswa hanya bisa mendapatkan kemampuan akademik yang sesungguhnya dengan kemampuannya sendiri.
Toru Kumon membuat soal-soal hitungan untuk Takeshi pada lembaran kertas loose-leaf. Bahan pelajaran yang dibuatnya sejak tahun 1955 tersebut menjadi asal mula bahan pelajaran Kumon saat ini. Kemampuan Takeshi berkembang pesat dengan setiap hari selama 30 menit mengerjakan soal-soal yang dibuat ayahnya. Hasilnya, ia bisa mencapai pelajaran Kalkulus Diferensial dan Integral hanya beberapa bulan setelah naik ke kelas enam SD. Setelah keberhasilannya dengan Takeshi, Toru Kumon kemudian mengajak beberapa anak di lingkungannya untuk belajar di rumahnya. Ia membimbing mereka dengan cara yang sama dengan saat ia membimbing Takeshi. Hasilnya, kemampuan akademik mereka meningkat dengan pesat. Melihat hal ini, Toru Kumon berkeinginan untuk mengembangkan potensi sebanyak mungkin anak dengan metode belajarnya. Pada tahun 1958, ia memutuskan untuk mendirikan usaha di Osaka dan membuka lebih banyak kelas Matematika. Sejak saat itu, jumlah siswa Kumon perlahan-lahan meningkat. Dengan sasaran agar siswa dapat mempelajari materi SMA secara mandiri, Toru Kumon berkeinginan mengembangkan kemampuan setiap siswa semaksimal mungkin dengan memberikan pembelajaran yang tepat sesuai dengan kemampuan masing-masing.
Anak-anak mempunyai potensi untuk berkembang. Melalui latihan membaca, menulis, dan berhitung, siswa mengembangkan rasa percaya diri untuk belajar secara mandiri. Di Kumon, kami memandang pendidikan sebagai sarana mengembangkan kemampuan anak-anak untuk mencapai aktualisasi diri di masa yang akan datang serta mewujudkan mimpi-mimpi dan tujuan hidup mereka. Kumon yang lahir dari rasa sayang seorang ayah terhadap anaknya, tidak dibatasi oleh bahasa, budaya ataupun sejarah. Seiring dengan bertambahnya jumlah orang yang merasakan manfaat Metode Kumon, jumlah siswa Kumon di seluruh dunia pun terus bertambah.